有氧运动和无氧运动最根本的区别在于，运动过程身体供能系统的占比不同：有氧运动以有氧代谢供能为主；而无氧运动以磷酸原供能和糖酵解供能为主。具体的区别有以下三方面的不同点：
一.有氧和无氧运动的能源来源不同
有氧运动能源的来源是体内的碳水化合物和脂肪。这个供能机制是缓慢且持续较长的过程，因此它只需在吸入氧气的作用下，燃烧碳水化合物和脂肪就可以完成运动的能量供应，这个就是有氧代谢的能量提供。
无氧运动时的肌肉，是在无氧代谢状态下进行的，它的代谢来自体内两个系统：一是由磷酸原系统直接供能；二是在无氧环境下先由糖酵解分解唐原再供能，这是居多的状况，所以无氧运动的能源来源主要是糖原。
二.有氧和无氧运动的运动强度不同
有氧运动供能的时间较长，但做功小、运动强度比较低，所以它消耗的能量也比较少，能支持大于三分钟以上中低强度的运动过程，这样能使肢体在较长的时间里可以不停地持续运作。
无氧运动的供能时间不长（不超过三分钟），但短时间内运动的间隙性强度高，做功大，同样运动时也就需要大能量来作体能支撑的付出，所以这种状态下人体运动是剧烈的，消耗很大。
三.有氧和无氧运动的功能性不同
有氧运动的低强度持续性，适合偏向心肺功能类耐疲劳型的体育运动，一般运动心率在110~150次/分。可侧重于降脂减肥的锻炼，如快走、慢跑、打乒乓球、游泳等运动都是可以通过有氧代谢来完成其动作过程的。
无氧运动的心率一般都要超过150次/分，一般都是些高节奏、力量型的间歇性高强度运动，所以，无氧运动比较适合力量健身类的锻炼，体育运动中的如百米赛跑、投掷、拔河、举重等都是这种无氧性质。
